Erste Hinweise auf die Existenz einer Burg datieren in das Jahr 1231, als sog. „Castellani“, was wohl mit Burgleute zu übersetzen ist, urkundliche Erwähnung finden. Konkret fassbar wird die Burg nach neuesten Erkenntnissen im Jahr 1238, da dieses Jahr als Fälldatum von im Unterteil des Bergfrieds verbauten Hölzern verifiziert wurde. Ob die gesamte Burg in dieser Zeit erbaut oder der Bergfried in eine bereits bestehende Anlage gesetzt wurde, ist nicht sicher zu entscheiden.
1260 wird sie jedenfalls als Zollburg genannt, 1276 erhält der Ort Stadtrechte. 1283 kommt Braubach mitsamt der Marksburg, deren Name vom Markus-Patrozinium der 1437 bezeugten Burgkapelle herzuleiten ist, an die Grafen von Katzenelnbogen, die ihr Territorium konsequent ausbauen. Sie dient nun - wahrscheinlich wechselweise mit Burg Hohenstein im Taunus - als Residenz der jüngeren Katzenelnbogener Linie. 1293 wird sie als Pfalzgräfliches Lehen in deren Besitz bestätigt.
Mit dem Aussterben der Grafen von Katzenelnbogen im Jahre 1479 fällt sie an die Landgrafen von Hessen, aber von besonderer Bedeutung ist nur noch die Zeit unter Landgraf Philipp II. von Hessen-Rheinfels. Dieser gibt sie als Residenz endgültig auf und bevorzugt das unterhalb der Marksburg 1568-71 neu erbaute Schloss Philippsburg.
(Bild unten: Marksburg, rechts unten Philippsburg)

Die vernachlässigte, aber niemals zerstörte Burg kommt 1802 an Nassau und 1866 an Preußen.

Im Jahre 1900 kauft sie die ein Jahr zuvor gegründete Deutsche Burgenvereinigung und richtet hier ihren Vereinssitz ein, der sich bis heute hier befindet.